قاعدة بيانات عائلات البروتين Pfam: نحو مستقبل أكثر استدامة

في العامين الماضيين، خضعت قاعدة بيانات Pfam (http://pfam.xfam.org) لإعادة تنظيم كبيرة لتقليل الجهد المبذول في إصدار نسخة جديدة، مما سمح بإصدار نسخ أكثر تكرارًا. وربما يكون أهم هذه التغييرات هو أن Pfam أصبحت الآن تعتمد بشكل أساسي على البروتينومات المرجعية UniProtKB، حيث قُيد عدد التسلسلات والأنواع المتطابقة التي تُعرض على الموقع بهذا المجموعة الأصغر. بناء العائلات على تسلسلات البروتينومات المرجعية يعزز الاستقرار، مما يقلل من كمية التنظيم اليدوي المطلوب للحفاظ عليها. كما يقلل من عدد التسلسلات المعروضة على الموقع، مع الاستمرار في توفير الوصول إلى العديد من الكائنات النموذجية المهمة. مع ذلك، لا تزال مطابقة القاعدة الكاملة UniProtKB متاحة ويمكن استرجاع التوصيفات من Pfam لتسلسلات UniProtKB الفردية. لا تزال هناك بعض مدخلات Pfam (1.6%) التي لا تتطابق مع البروتينومات المرجعية؛ نحن نعمل مع UniProt لرؤية إمكانية دمج تسلسلات منها في البروتينومات المرجعية. لقد تم إزالة Pfam-B، المكمل التلقائي لـ Pfam. الإصدار الحالي (Pfam 29.0) يتضمن 16,295 مدخلاً و559 عشيرة. تم تحسين إمكانية عرض العلاقة بين العائلات ضمن العشيرة من خلال إدخال أداة جديدة.