Key points are not available for this paper at this time.
يمكن استخدام تسلسلات الجينات التي تم أخذ عينات منها في نقاط زمنية مختلفة لاستنباط الأنساب الجزيئية على مقياس زمني طبيعي من الأشهر أو السنوات، بشرط أن تخضع التسلسلات المعنية لكميات قابلة للقياس من التغير التطوري بين أوقات أخذ العينات. تُسمى مجموعات البيانات التي تتمتع بهذه الخاصية بغير المتزامنة وقد أصبحت شائعة بشكل متزايد في عدة مجالات من البيولوجيا، وأبرزها علم الأوبئة الجزيئية للفيروسات سريعة التطور. هنا نقدم أداة البرمجيات متعددة الأنظمة، TempEst (المعروفة سابقًا باسم Path-O-Gen)، لرؤية وتحليل بيانات التسلسل التي تم أخذ عينات منها زمانيًا. بالنظر إلى الأنساب الجزيئية وتواريخ أخذ العينات لكل تسلسل، تستخدم TempEst نهج الانحدار التفاعلي لاستكشاف العلاقة بين التباين الجيني عبر الزمن وتواريخ أخذ العينات. يمكن استخدام TempEst لـ (1) تقييم ما إذا كان هناك إشارة زمنية كافية في البيانات للمتابعة مع تحليل ساعة أنساب الجينات الجزيئية، و (2) تحديد التسلسلات التي يتعارض فيها التباين الجيني وتاريخ أخذ العينات. يمكن أن يساعد فحص الأخيرة في تحديد مشاكل جودة البيانات، بما في ذلك الأخطاء في توضيح البيانات، تلوث العينات، إعادة تركيب التسلسل، أو خطأ المحاذاة. نوصي جميع مستخدمي نماذج ساعة الجينات الجزيئية المطبقة في BEAST بالتحقق من بياناتهم باستخدام TempEst قبل التحليل.
درس رامباو وآخرون (Fri,) هذا السؤال.