أطلس التعبير للخلايا الأولية البشرية: استنتاج وظيفة الجينات من شبكات التعبير المشترك

الخلفية: يتطلب تخصص خلايا الثدييات في الزمان والمكان تعبيرًا منسقًا للجينات المرتبطة بمسارات ووظائف محددة. هنا، جمعنا عددًا كبيرًا من مجموعات بيانات الميكروأرا المتاحة للجمهور المستمدة من الخلايا الأولية البشرية وحللنا رسومًا بيانية كبيرة للترابط لهذه البيانات. النتائج: باستخدام أداة تحليل الشبكة BioLayout Express3D، قمنا بتحديد ترابطات قوية بين الجينات المعبر عنها في مجموعة متنوعة واسعة من سلالات الخلايا. نناقش الأهمية البيولوجية لعدد من هذه الترابطات، لا سيما التعبير المشترك لعوامل النسخ الرئيسية مع الجينات التي من المحتمل أن تتحكم بها. الاستنتاجات: نأخذ بعين الاعتبار تنظيم الجينات في الخلايا الأولية البشرية وبشكل خاص في نظام البلعميات أحادية النواة البشري. من الجدير بالذكر أن هذه البيانات لا تدعم هوية العلامات المحتملة لخلايا بيت الجلد الشوكية المقدمة للمستضدات، ولا تصنيف حالات التنشيط M1 وM2، وهو موضوع نقاش حالي في المجال المناعي. قدمنا هذا المورد البياني على موقع BioGPS (http://biogps.org/dataset/2429/primary-cell-atlas/) وعلى macrophages.com (http://www.macrophages.com/hu-cell-atlas).