Digitale räumliche Profilierung der Mikroumgebung von muskelinvasivem Blasenkarzinom

Zusammenfassung Muskelinvasives Blasenkarzinom (MIBC) ist eine molekular vielfältige Erkrankung mit unterschiedlichen klinischen Verläufen. Molekulare Studien verwenden typischerweise Bulk-Sequenzierungsanalysen, die eine transkriptomische Momentaufnahme eines Abschnitts des Tumors liefern. Tumorgewebe sind jedoch nicht homogen, sondern bestehen aus unterschiedlichen Kompartimenten wie Tumor und Stroma. Um die molekularen Profile von Blasenkrebs zu untersuchen und gleichzeitig die räumliche Komplexität der Tumoren zu erhalten, verwendeten wir die Digital Spatial Profiling (DSP) des gesamten Transkriptoms. Mit dieser Methode erzeugten wir einen Datensatz transkriptomischer Profile von Tumorepithel, Stroma und Immuninfiltrat. Mit diesen Daten untersuchen wir die räumliche Beziehung von molekularen Subtyp-Signaturen und Ligand-Signalisierungsereignissen. Wir stellen fest, dass Basal/Squamös- und Klassische Subtypen größtenteils auf Tumorregionen beschränkt sind, während die stroma-reichen Subtyp-Signaturen im Stroma selbst reichlich vorhanden sind. Zusätzlich identifizieren wir Ligand-Signalisierungsereignisse, die zwischen Tumor-, Stroma- und Immuninfiltratregionen auftreten, wie z. B. das aus dem Immuninfiltrat stammende GPNMB, das hoch korreliert mit der VEGFA-Expression im Tumor war. Diese Erkenntnisse geben neue Einblicke in die Vielfalt von MIBC auf molekularer Ebene und bieten einen Datensatz mit detaillierten räumlichen Informationen, die in der Blasenkrebsforschung bisher nicht verfügbar waren.