Verbesserte Werkzeuge für den Vergleich biologischer Sequenzen.

Wir haben drei Computerprogramme zur Analyse von Protein- und DNA-Sequenzen entwickelt. Sie können benutzt werden, um Sequenzdatenbanken zu durchsuchen, Ähnlichkeitswerte zu bewerten und periodische Strukturen basierend auf lokaler Sequenzähnlichkeit zu identifizieren. Das Programm FASTA ist eine empfindlichere Variante des Programms FASTP, das verwendet werden kann, um Protein- oder DNA-Sequenzdatenbanken zu durchsuchen und eine Proteinsequenz mit einer DNA-Sequenzdatenbank zu vergleichen, indem die DNA-Datenbank während der Suche übersetzt wird. FASTA beinhaltet einen zusätzlichen Schritt bei der Berechnung des initialen paarweisen Ähnlichkeitswerts, der es erlaubt, mehrere Ähnlichkeitsregionen zu verbinden, um den Wert verwandter Sequenzen zu erhöhen. Das Programm RDF2 kann benutzt werden, um die Signifikanz von Ähnlichkeitswerten mittels einer Mischmethode zu bewerten, die die lokale Sequenzzusammensetzung erhält. Das Programm LFASTA kann alle Regionen lokaler Ähnlichkeit zwischen zwei Sequenzen mit Werten über einer Schwelle anzeigen, unter Verwendung derselben Bewertungsparameter und eines ähnlichen Alignierungsalgorithmus; diese lokalen Ähnlichkeiten können entweder als "grafische Matrix"-Darstellung oder als einzelne Alignments gezeigt werden. Zusätzlich wurden diese Programme verallgemeinert, um den Vergleich von DNA- oder Proteinsequenzen anhand verschiedener alternativer Bewertungsschemata zu ermöglichen.