Ultraschnelle und speichereffiziente Ausrichtung kurzer DNA-Sequenzen am menschlichen Genom

Bowtie ist ein ultraschnelles, speichereffizientes Ausrichtungsprogramm zum Ausrichten kurzer DNA-Sequenzlesungen auf große Genome. Für das menschliche Genom ermöglicht die Burrows-Wheeler-Indizierung Bowtie, mehr als 25 Millionen Lesungen pro CPU-Stunde mit einem Speicherbedarf von ca. 1,3 Gigabyte auszurichten. Bowtie erweitert vorherige Burrows-Wheeler-Techniken um einen neuartigen qualitätsbewussten Backtracking-Algorithmus, der Fehlpaarungen erlaubt. Mehrere Prozessorkerne können gleichzeitig genutzt werden, um noch höhere Ausrichtungsgeschwindigkeiten zu erzielen. Bowtie ist Open Source (http://bowtie.cbcb.umd.edu).