KEGG für taxonomiebasierte Analyse von Signalwegen und Genomen

KEGG (https://www.kegg.jp) ist eine manuell kuratierte Datenbankressource, die verschiedene biologische Objekte integriert, die in Systeme, genomische, chemische und Gesundheitsinformationen kategorisiert sind. Jeder Eintrag (Datenbankeintrag) ist durch die KEGG-Kennung (kid) identifiziert, welche im Allgemeinen aus einem Präfix gefolgt von einer fünfstelligen Zahl besteht und durch Anhängen von /entry/kid an die URL abgerufen werden kann. Der KEGG Signalwegkarten-Viewer, der Brite-Hierarchie-Viewer und der neu veröffentlichte KEGG Genome-Browser können durch Anhängen von /pathway/kid, /brite/kid und /genome/kid jeweils in der URL gestartet werden. Zusammen mit einem verbesserten Annotationsverfahren für KO (KEGG Orthology) Zuweisung sind zunehmend mehr eukaryotische Genome in KEGG aufgenommen worden, um eine bessere Darstellung von Organismen im taxonomischen Baum zu gewährleisten. Mehrere Taxonomie-Dateien werden für die Klassifikation der KEGG-Organismen und Viren erstellt, und der Brite-Hierarchie-Viewer wird für die Taxonomieabbildung verwendet, eine Variante der Brite-Zuordnung in der neuen KEGG Mapper-Suite. Die Taxonomieabbildung ermöglicht beispielsweise die Analyse, wie funktionelle Verknüpfungen von Genen im Signalweg und physische Verknüpfungen von Genen auf dem Chromosom unter Organismengruppen erhalten bleiben.