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Das beschleunigte Tempo der Genomsequenzierung im gesamten Lebensbaum treibt den Bedarf an verbesserter unbeaufsichtigter Annotation von Genomkomponenten wie transponierbaren Elementen (TEs) voran. Da die Typen und Sequenzen der TEs zwischen den Arten stark variieren, sind automatisierte TE-Entdeckung und -Annotation herausfordernde und zeitaufwändige Aufgaben. Ein kritischer erster Schritt ist die de novo Identifizierung und genaue Zusammenstellung von Sequenzmodellen, die alle einzigartigen TE-Familien repräsentieren, die im Genom verstreut sind. Hier stellen wir RepeatModeler2 vor, eine Pipeline, die diesen Prozess erheblich erleichtert. Dieses Programm bringt wesentliche Verbesserungen gegenüber der ursprünglichen Version von RepeatModeler, einem der am weitesten verbreiteten Werkzeuge zur TE-Entdeckung. Insbesondere enthält diese Version ein Modul zur strukturellen Entdeckung vollständiger langer terminaler Wiederholungen (LTR) Retroelemente, die in eukaryotischen Genomen weit verbreitet, aber aufgrund ihrer Größe und Sequenzkomplexität schwer automatisierbar sind. Wir haben RepeatModeler2 an drei Modellarten mit unterschiedlichen TE-Landschaften und hochwertigen, manuell kuratierten TE-Bibliotheken benchmarked: Drosophila melanogaster (Fruchtfliege), Danio rerio (Zebrabärbling) und Oryza sativa (Reis). In diesen drei Arten identifizierte RepeatModeler2 ungefähr dreimal mehr Konsenssequenzen mit >95 % Sequenzidentität und Sequenzabdeckung zu den manuell kuratierten Sequenzen als das ursprüngliche RepeatModeler. Wie erwartet, ist die größte Verbesserung bei LTR-Retroelementen zu beobachten. Somit stellt RepeatModeler2 eine wertvolle Ergänzung des Werkzeugkastens zur Genomanotation dar, die die Identifizierung und Studie von TEs in eukaryotischen Genomsequenzen verbessern wird. RepeatModeler2 ist als Quellcode oder containerisiertes Paket unter einer offenen Lizenz verfügbar (https://github.com/Dfam-consortium/RepeatModeler, http://www.repeatmasker.org/RepeatModeler/).
Flynn et al. (Thu,) haben diese Frage untersucht.