Die Pfam-Protein-Familien-Datenbank: Auf dem Weg zu einer nachhaltigeren Zukunft

In den letzten zwei Jahren hat die Pfam-Datenbank (http://pfam.xfam.org) eine wesentliche Umstrukturierung durchlaufen, um den Aufwand für die Erstellung einer Veröffentlichung zu reduzieren und damit häufigere Veröffentlichungen zu ermöglichen. Vielleicht die bedeutendste dieser Änderungen ist, dass Pfam jetzt hauptsächlich auf den UniProtKB Referenz-Proteomen basiert, wobei die Anzahl der übereinstimmenden Sequenzen und Arten, die auf der Website gemeldet werden, auf dieses kleinere Set beschränkt ist. Das Erstellen von Familien auf Basis der Referenz-Proteom-Sequenzen bringt eine größere Stabilität mit sich, was den manuellen Pflegeaufwand reduziert, der zur Aufrechterhaltung erforderlich ist. Es verringert auch die Anzahl der auf der Website angezeigten Sequenzen, während dennoch Zugang zu vielen wichtigen Modellorganismen gewährt wird. Übereinstimmungen mit der vollständigen UniProtKB-Datenbank sind jedoch weiterhin verfügbar, und Pfam-Anmerkungen für einzelne UniProtKB-Sequenzen können weiterhin abgerufen werden. Einige Pfam-Einträge (1,6%), die keine Übereinstimmungen mit den Referenz-Proteomen aufweisen, bleiben bestehen; wir arbeiten mit UniProt zusammen, um zu prüfen, ob Sequenzen von ihnen in die Referenz-Proteome integriert werden können. Pfam-B, die automatisch generierte Ergänzung zu Pfam, wurde entfernt. Die aktuelle Veröffentlichung (Pfam 29.0) umfasst 16.295 Einträge und 559 Clans. Die Möglichkeit, die Beziehung zwischen Familien innerhalb eines Clans zu sehen, wurde durch die Einführung eines neuen Werkzeugs verbessert.