KEGG: Integration von Viren und zellulären Organismen

KEGG (https://www.kegg.jp/) ist eine manuell kuratierte Ressource, die achtzehn Datenbanken integriert, die in Systeme, Genomik, Chemie und Gesundheitsinformationen kategorisiert sind. Es bietet auch KEGG-Mapping-Tools, die das Verständnis von zellulären und organismischen Funktionen anhand von Genomsequenzen und anderen molekularen Datensätzen ermöglichen. KEGG-Mapping ist eine prädiktive Methode zur Rekonstruktion molekularer Netzwerksysteme aus molekularen Bausteinen, basierend auf dem Konzept funktioneller Orthologe. Seit der Einführung der KEGG NETWORK-Datenbank wurden verschiedene Krankheiten mit Netzwerkvarianten in Verbindung gebracht, bei denen es sich um gestörte molekulare Netzwerke handelt, die durch menschliche Genvarianten, Viren, andere Pathogene und Umweltfaktoren verursacht werden. Die Netzwerkvariationskarten werden als ausgerichtete Sätze verwandter Netzwerke erstellt, die beispielsweise zeigen, wie verschiedene Viren spezifische zelluläre Signalwege hemmen oder aktivieren. Die KEGG-Wegkarten sind jetzt in der NETWORK-Datenbank mit Netzwerkvariationskarten sowie mit den konservierten funktionellen Einheiten der KEGG-Module und Reaktionsmodule in der MODULE-Datenbank integriert. Die KO-Datenbank für funktionelle Orthologe wird weiterhin verbessert, und Virus-KOs werden erweitert, um ein besseres Verständnis der Virus-Zell-Interaktionen zu ermöglichen und die Vorhersage viraler Störungen zu unterstützen.