DAVID Bioinformatik-Ressourcen: erweiterte Annotationsdatenbank und neuartige Algorithmen zur besseren Extraktion biologischer Erkenntnisse aus großen Genlisten

Alle Werkzeuge in den DAVID Bioinformatik-Ressourcen zielen darauf ab, eine funktionale Interpretation großer Genlisten zu ermöglichen, die aus genomischen Studien stammen. Die neu aktualisierten DAVID Bioinformatik-Ressourcen bestehen aus der DAVID Wissensdatenbank und fünf integrierten, webbasierten Werkzeug-Suites zur funktionalen Annotation: dem DAVID Gen-Funktionsklassifizierungs-Tool, dem DAVID Funktionalen Annotationstool, dem DAVID Gen-ID-Konvertierungstool, dem DAVID Gen-Namen-Viewer und dem DAVID NIAID Pathogen-Genom-Browser. Die erweiterte DAVID Wissensdatenbank integriert nun fast alle großen und bekannten öffentlichen bioinformatischen Ressourcen, zentralisiert durch das DAVID Genkonzept, eine Single-Linkage-Methode, um zig Millionen unterschiedlicher Gen-/Proteinidentifikatoren und Annotationstermini aus verschiedenen öffentlichen bioinformatischen Datenbanken zusammenzuführen. Für jede hochgeladene Genliste bieten die DAVID-Ressourcen jetzt nicht nur die typische Gen-Term-Anreicherungsanalyse, sondern auch neue Werkzeuge und Funktionen, die es den Nutzern erlauben, große Genlisten in genfunktionale Gruppen zu kondensieren, zwischen Gen-/Proteinidentifikatoren zu konvertieren, Beziehungen von vielen Genen zu vielen Termen zu visualisieren, redundante und heterogene Termini zu clustern, interessante und verwandte Gene oder Termini zu suchen, Gene aus ihren Listen dynamisch auf Biopfaden anzuzeigen und mehr. Mit DAVID (http://david.niaid.nih.gov) erhalten Forschende mehr Möglichkeiten, die biologischen Mechanismen zu interpretieren, die mit großen Genlisten assoziiert sind.