Cistrome Data Browser: erweiterte Datensätze und neue Werkzeuge zur Analyse der Genregulation

Der Cistrome Data Browser (DB) ist eine Ressource für cis-regulatorische Informationen des Menschen und der Maus, die aus ChIP-seq-, DNase-seq- und ATAC-seq-Chromatinprofiling-Assays abgeleitet wurden, welche die genomweiten Standorte von Transkriptionsfaktor-Bindungsstellen, histonposttranslationellen Modifikationen und Regionen chromatinzugänglicher Endonuklease-Aktivität kartieren. Derzeit enthält der Cistrome DB etwa 47.000 menschliche und mausartige Proben mit circa 24.000 neu gesammelten Datensätzen im Vergleich zur vorherigen Veröffentlichung vor zwei Jahren. Darüber hinaus verfügt der Cistrome DB über ein neues Toolkit-Modul mit mehreren Funktionen, die es Nutzern ermöglichen, die groß angelegten ChIP-seq-, DNase-seq- und ATAC-seq-Daten besser zu nutzen. Erstens können Benutzer die Faktoren abfragen, die wahrscheinlich ein bestimmtes Gen von Interesse regulieren. Zweitens erleichtert das Cistrome DB Toolkit die Suche nach Faktor-Bindungen, Histonmodifikationen und Chromatinzugänglichkeit in jedem gegebenen genomischen Intervall kürzer als 2 Mb. Drittens kann das Toolkit die ähnlichsten ChIP-seq-, DNase-seq- und ATAC-seq-Proben hinsichtlich genomischer Intervallüberschneidungen mit vom Nutzer bereitgestellten genomischen Intervall-Sets bestimmen. Der Cistrome DB ist eine benutzerfreundliche, aktuelle und gut gepflegte Ressource, und die neuen Werkzeuge werden die biomedizinische Forschungsgemeinschaft erheblich unterstützen. Die Datenbank ist kostenlos unter http://cistrome.org/db verfügbar, und das Toolkit unter http://dbtoolkit.cistrome.org.