Schnelle und empfindliche Proteinsimilaritätssuchen

Ein Algorithmus wurde entwickelt, der die Suche nach Ähnlichkeiten zwischen neu bestimmten Aminosäuresequenzen und bereits in Datenbanken verfügbaren Sequenzen erleichtert. Aufgrund der Effizienz des Algorithmus auf vielen Mikrocomputern können empfindliche Proteindatenbanksuchen nun zu einem Routineverfahren für Molekularbiologen werden. Die Methode identifiziert effizient Bereiche ähnlicher Sequenzen und bewertet dann die übereinstimmenden sowie abweichenden Reste in diesen Bereichen mithilfe einer Aminosäure-Ersetzungs-Matrix. Diese Matrix erhöht die Empfindlichkeit, indem sie hohen Wert auf solche Aminosäureersetzungen legt, die in der Evolution häufig vorkommen. Der Algorithmus wurde in einem Computerprogramm implementiert, das darauf ausgelegt ist, Proteindatenbanken sehr schnell zu durchsuchen. Zum Beispiel würde der Vergleich einer 200 Aminosäuren langen Sequenz mit den 500.000 Resten in der National Biomedical Research Foundation-Bibliothek auf einem Minicomputer weniger als 2 Minuten dauern und auf einem Mikrocomputer (IBM PC) weniger als 10 Minuten.