Der Phusion-Assember

Der Phusion-Assember hat das Mausgenom aus dem Whole-Genome-Shotgun-(WGS)-Datensatz zusammengefügt, der vom Mouse Genome Sequencing Consortium bei etwa 7,5-facher Sequenzabdeckung gesammelt wurde. Es entstand eine hochwertige Entwurfsassemblierung von 2,6 Gigabasen Größe, von denen 90 % dieser Basen in 479 Scaffolds enthalten sind. Für das Mausgenom, das ein großes und reich an Wiederholungen ist, wurde der Eingabedatensatz so konzipiert, dass er einen hohen Anteil an paired-end-Sequenzen verschiedener insertlängen von 2–200 kbp aus unterschiedlichen Host-Vektor-Templates enthält. Phusion verwendet Sequenzdaten, sogenannte Reads, und Informationen über Reads, die gemeinsame Templates teilen, sogenannte Read-Paare, um die Assemblierung dieses großen Genoms zu hochpräzisen Ergebnissen anzutreiben. Die Vorassemblierungsphase, die die Reads in sinnvolle Gruppen clustert, ist ein Schlüsselelement des gesamten Assemblers, da sie einen einfachen Ansatz zur Parallelisierung der Assemblierungsphase ermöglicht, da jeder Cluster unabhängig von den anderen behandelt werden kann. Zusätzlich zur Anwendung von Phusion auf das Mausgenom präsentieren wir auch Ergebnisse der WGS-Assemblierung von Caenorhabditis briggsae, die mit etwa 11-facher Abdeckung sequenziert wurde. Die C. briggsae-Assemblierung wurde über EMBL, http://www.ebi.ac.uk/services/index.html, mit der Serie CAAC01000001-CAAC01000578 zugänglich gemacht, die hier beschriebene Phusion-Maus-Assemblierung wurde jedoch nicht zugänglich gemacht. Die Mausdaten wurden vom Mouse Genome Sequencing Consortium generiert. Die C. briggsae-Sequenz wurde am Wellcome Trust Sanger Institute und am Genome Sequencing Center der Washington University School of Medicine generiert.