Algorithmen zur Merkmalsextraktion und Normalisierung von Hochdichte-Oligonukleotid-Genexpressionsarray-Daten

Algorithmen zur Durchführung der Merkmalsextraktion und Normalisierung auf Hochdichte-Oligonukleotid-Genexpressionsarrays wurden bisher nicht umfassend untersucht, und der Einfluss dieser Algorithmen auf die nachgelagerte Analyse ist nicht gut verstanden. Fortschritte in solchen Methoden der niedrigstufigen Analyse sind entscheidend, um die Sensitivität und Spezifität bei der Erkennung, ob Gene vorhanden und/oder differentiell exprimiert sind, zu erhöhen. Wir haben eine Reihe von Algorithmen für die Analyse von Expressionsarray-Daten in einer Softwareanwendung, dem DNA-Chip Analyzer (dChip), entwickelt und implementiert. In diesem Bericht beschreiben wir die Algorithmen zur Merkmalsextraktion und Normalisierung und präsentieren Validierungsdaten sowie Vergleichsergebnisse mit einigen der derzeit eingesetzten Algorithmen.