Aperçu Contexte Les caractéristiques moléculaires du virus de l'hépatite B (VHB) en Afrique, y compris l'impact de la co-infection par le VIH, sont mal comprises. Méthodes Nous avons réalisé un séquençage complet du génome (WGS) sur des biospecimens collectés avant un traitement antiviral dans une cohorte bien caractérisée d'adultes ayant le VHB en Zambie, enrichie pour la co-infection par le VIH (VHB/VIH). Nous avons évalué la fréquence des variantes du promoteur basal (BCP) et des variants précoces, les fréquences de substitution, et le ratio de substitutions non-synonymes par rapport aux substitutions synonymes (ratios dN/dS), un substitut pour la pression de sélection. Résultats Parmi 215 participants (âge médian, 33 ans, 36 % positif à l'antigène e HBeAg, 35 % avec VHB/VIH), 114 (53,0 %) avaient le génotype E (gtE) et 101 (47,0 %) avaient le génotype A (gtA), sous-génotype 1. Les variantes BCP et précoces, associées à la négativité HBeAg, étaient plus fréquentes avec l'âge, en l'absence de VIH, et avec gtE. Distinct de gtA, gtE avait des ratios dN/dS qui étaient augmentés dans la région core par rapport à la région polymérase. De faibles ratios dN/dS ont été observés dans VHB/VIH, surtout aux fréquences les plus basses de cellules T CD4. Les séquences provenant d'une infection aiguë par le VHB ainsi que celles de 5 participants avec VHB/VIH chronique ayant éliminé l'antigène de surface de l'hépatite B tôt pendant un traitement antirétroviral à base de ténofovir ont montré des ratios dN/dS remarquablement bas. Conclusions Le génotype VHB gtE a montré des modèles de substitution distincts par rapport à gtA, et VHB/VIH était associé à une diversité de séquences VHB réduite, en accord avec une pression immunitaire altérée.
Vinikoor et al. (Mer,) ont étudié cette question.