Utilité de la modalité d'imagerie cellulaire dans le profilage transcriptomique spatial subcellulaire des tissus tumoraux

RÉSUMÉ Les technologies de transcriptomique spatiale (ST), telles que GeoMx Digital Spatial Profiler, sont de plus en plus utilisées pour révéler le rôle des différents composants du microenvironnement tumoral, en particulier en ce qui concerne la progression du cancer, la réponse au traitement et la résistance thérapeutique. Cependant, dans de nombreuses études de ST, l'information spatiale obtenue à partir de l'imagerie par immunofluorescence est principalement utilisée pour identifier les régions d'intérêt, plutôt que comme une partie intégrante de l'interprétation ultérieure des données transcriptomiques. Nous avons développé ROICellTrack, un cadre basé sur l'apprentissage profond, pour mieux intégrer l'imagerie cellulaire avec le profilage transcriptomique spatial. En examinant 56 ROI provenant de carcinome urothélial de la vessie (UCB) et de carcinome urothélial des voies urinaires supérieures (UTUC), ROICellTrack a identifié avec précision les mélanges cancer-immune et les caractéristiques morphologiques cellulaires associées. Cette approche a également révélé différents ensembles de motifs de regroupement spatial et d'interactions récepteur-ligand. Nos résultats soulignent l'importance de combiner imagerie et transcriptomique pour une analyse complète de l'omics spatial, offrant de nouvelles perspectives potentielles sur l'hétérogénéité intra-échantillon et des implications pour les thérapies ciblées et la médecine personnalisée.