Ajustement des modèles linéaires à effets mixtes avec lme4

Les estimations du maximum de vraisemblance ou du maximum de vraisemblance restreint (REML) des paramètres dans les modèles linéaires à effets mixtes peuvent être obtenues à l'aide de la fonction lmer du package lme4 pour R. Comme pour la plupart des fonctions d'ajustement de modèles dans R, le modèle est décrit dans un appel lmer par une formule, incluant ici à la fois des termes à effets fixes et aléatoires. La formule et les données déterminent ensemble une représentation numérique du modèle à partir de laquelle le déviance profilée ou le critère REML profilé peut être évalué en fonction de certains paramètres du modèle. Le critère approprié est optimisé, en utilisant l'une des fonctions d'optimisation contraintes de R, afin de fournir les estimations des paramètres. Nous décrivons la structure du modèle, les étapes d'évaluation de la déviance profilée ou du critère REML, ainsi que la structure des classes ou types représentant un tel modèle. Des détails suffisants sont inclus pour permettre la spécialisation de ces structures par les utilisateurs souhaitant écrire des fonctions pour ajuster des modèles linéaires mixtes spécialisés, tels que les modèles intégrant des pédigrées ou des splines de lissage, qui ne s'expriment pas facilement dans le langage de formule utilisé par lmer.