edgeR : un package Bioconductor pour l'analyse de l'expression différentielle des données d'expression génique numériques

Résumé : Il est prévu que les technologies émergentes d'expression génique numérique (DGE) dépassent bientôt les technologies des microarrays pour de nombreuses applications en génomique fonctionnelle. Une des tâches fondamentales de l'analyse des données, notamment pour les études d'expression génique, consiste à déterminer s'il existe des preuves que les comptages d'un transcrit ou d'un exon sont significativement différents entre des conditions expérimentales. edgeR est un package logiciel Bioconductor pour examiner l'expression différentielle de données de comptages répliquées. Un modèle de Poisson surdispersionné est utilisé pour prendre en compte à la fois la variabilité biologique et technique. Des méthodes bayésiennes empiriques sont utilisées pour modérer le degré de surdispersion entre les transcrits, améliorant la fiabilité des inférences. La méthodologie peut être utilisée même avec des niveaux de réplication minimaux, à condition qu'au moins un phénotype ou une condition expérimentale soit répliquée. Le logiciel peut avoir d'autres applications au-delà des données de séquençage, comme les données de comptage de peptides du protéome. Disponibilité : Le package est disponible gratuitement sous licence LGPL sur le site Bioconductor (http://bioconductor.org). Contact : mrobinson@wehi.edu.au