Analyse d'enrichissement de groupes de gènes : une approche basée sur la connaissance pour interpréter les profils d'expression à l'échelle du génome

Bien que l'analyse de l'expression d'ARN à l'échelle du génome soit devenue un outil courant en recherche biomédicale, extraire des connaissances biologiques à partir de telles données reste un défi majeur. Ici, nous décrivons une méthode analytique puissante appelée Analyse d'Enrichissement de Groupes de Gènes (GSEA) pour interpréter les données d'expression génique. La méthode tire sa puissance en se concentrant sur des groupes de gènes, c’est-à-dire des ensembles de gènes partageant une fonction biologique commune, une localisation chromosomique, ou une régulation similaire. Nous démontrons comment GSEA apporte des insights sur plusieurs ensembles de données liés au cancer, y compris la leucémie et le cancer du poumon. Notamment, alors que l’analyse au niveau du gène unique trouve peu de similarité entre deux études indépendantes sur la survie des patients atteints de cancer du poumon, GSEA révèle de nombreuses voies biologiques en commun. La méthode GSEA est implémentée dans un logiciel librement disponible, accompagné d’une base de données initiale de 1 325 groupes de gènes définis biologiquement.