Cutadapt élimine les séquences d'adaptateurs des lectures de séquençage à haut débit

Lorsque le petit ARN est séquencé sur les machines de séquençage actuelles, les lectures obtenues sont généralement plus longues que l'ARN et contiennent donc des parties de l'adaptateur 3'. Cet adaptateur doit être détecté et retiré de manière tolérante aux erreurs dans chaque lecture avant l'alignement. Les solutions précédentes sont soit difficiles à utiliser, soit ne proposent pas les fonctionnalités requises, notamment la prise en charge des données en espace couleur. En tant qu'alternative facile à utiliser, nous avons développé l'outil en ligne de commande cutadapt, qui supporte les données 454, Illumina et SOLiD (espace couleur), offre deux algorithmes de troncature des adaptateurs, et possède d'autres fonctionnalités utiles. Cutadapt, y compris son code source sous licence MIT, est disponible en téléchargement sur http://code.google.com/p/cutadapt/