Alignement ultrarapide et efficace en mémoire de courtes séquences d'ADN sur le génome humain

Bowtie est un programme d'alignement ultrarapide et économe en mémoire pour aligner de courtes lectures de séquences d'ADN sur de grands génomes. Pour le génome humain, l'indexation Burrows-Wheeler permet à Bowtie d'aligner plus de 25 millions de lectures par heure-CPU avec une empreinte mémoire d'environ 1,3 gigaoctets. Bowtie étend les techniques précédentes Burrows-Wheeler avec un nouvel algorithme de rétrotracking sensible à la qualité qui permet les discordances. Plusieurs cœurs de processeur peuvent être utilisés simultanément pour atteindre des vitesses d'alignement encore plus élevées. Bowtie est open source (http://bowtie.cbcb.umd.edu).