Méta-analyse des données RNA-Seq identifiant les gènes différentiellement exprimés dans le muscle squelettique entre individus obèses et de poids normal

L'obésité perturbe le métabolisme du muscle squelettique via la résistance à l'insuline, le stress oxydatif et le dépôt ectopique de graisse, néanmoins les résultats transcriptomiques des études individuelles restent incohérents. Nous avons réalisé une méta-analyse de quatre études indépendantes de séquençage ARN (RNA-seq) du muscle vaste latéral humain, comparant 29 individus obèses (indice de masse corporelle (IMC) ≥ 30 kg/m2) et 23 individus de poids normal. L'expression différentielle a été analysée avec DESeq2, intégrant l'âge et le sexe comme covariables dans les études disposant des données individuelles. Les résultats au niveau des études ont été intégrés par la méthode inverse normale attentive à la direction (Stouffer pondéré). L'hétérogénéité entre études a été évaluée par la statistique I2 au niveau génétique dérivée de la méta-analyse à effets aléatoires des changements de pli log2. L'annotation fonctionnelle a été réalisée via le Gene Ontology et les analyses de voies KEGG. La méthode Stouffer pondérée a identifié 2136 gènes différentiellement exprimés (GDEs) (p ajusté < 0,05), comprenant 1028 gènes surexprimés et 1108 sous-exprimés, dont 674 (31,6 %) détectés uniquement par la méta-analyse. Trois gènes — PHLDA3 (diminué), CNKSR2 (diminué) et SFRP4 (augmenté) — étaient significatifs dans chaque étude individuelle et dans l'analyse combinée. Les GDEs sous-exprimés étaient enrichis en traduction cytoplasmique, structure ribosomale et phosphorylation oxydative, tandis que les GDEs surexprimés étaient associés à l'organisation de la matrice extracellulaire et à la voie d'adhésion focale. Cette méta-analyse RNA-seq du muscle squelettique dans l'obésité identifie des GDEs robustes et des voies dysrégulées, fournissant des cibles candidates pour les futures recherches mécanistiques et translationnelles.