CellMarker : une ressource manuellement organisée des marqueurs cellulaires chez l'humain et la souris

Une des questions les plus fondamentales en biologie est de savoir quels types de cellules forment différents tissus et organes de manière fonctionnellement coordonnée. Les études de séquençage unicellulaire à grande échelle et les expériences biologiques ouvrent désormais rapidement de nouvelles voies pour suivre cette question en révélant des marqueurs cellulaires substantiels permettant de distinguer différents types cellulaires dans les tissus. Ici, nous avons développé la base de données CellMarker (http://biocc.hrbmu.edu.cn/CellMarker/ ou http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/CellMarker/), visant à fournir une ressource complète et précise des marqueurs cellulaires pour divers types cellulaires dans les tissus humains et murins. En curant manuellement plus de 100 000 articles publiés, 4124 entrées comprenant des informations sur les marqueurs cellulaires, le type de tissu, le type cellulaire, les informations sur le cancer et la source ont été enregistrées. Au final, 13 605 marqueurs cellulaires de 467 types cellulaires dans 158 tissus/sous-tissus humains et 9148 marqueurs cellulaires de 389 types cellulaires dans 81 tissus/sous-tissus de souris ont été collectés et déposés dans CellMarker. CellMarker offre une interface conviviale pour parcourir, chercher et télécharger les marqueurs de divers types cellulaires de différents tissus. De plus, une prévalence résumée des marqueurs dans chaque type cellulaire est présentée graphiquement et de manière intuitive via un graphique statistique vivant. Nous pensons que CellMarker est une ressource complète et précieuse pour les recherches cellulaires visant à identifier et caractériser précisément les cellules, notamment au niveau unicellulaire.