ChEA3 : analyse d'enrichissement des facteurs de transcription par intégration orthogonale d'omics

L'identification des facteurs de transcription (FT) responsables des changements observés dans l'expression génique est une étape importante dans la compréhension des réseaux de régulation génique. ChIP-X Enrichment Analysis 3 (ChEA3) est un outil d'analyse d'enrichissement des facteurs de transcription qui classe les FT associés aux ensembles de gènes soumis par l'utilisateur. La base de données de fond de ChEA3 contient une collection de bibliothèques d'ensembles de gènes générées à partir de plusieurs sources, y compris la co-expression FT-gène issue d'études RNA-seq, les associations FT-cible provenant d'expériences ChIP-seq, et la co-occurrence FT-gène calculée à partir de listes de gènes soumises par la communauté. Les résultats d'enrichissement provenant de ces sources distinctes sont intégrés pour générer un classement composite qui améliore la prédiction du FT en amont correct par rapport aux classements produits par des bibliothèques individuelles. Nous comparons ChEA3 aux outils existants de prédiction des FT et montrons que ChEA3 donne de meilleures performances. En intégrant les bibliothèques de ChEA3, nous mettons en lumière des propriétés générales des facteurs de transcription telles que la tendance du FT à agir en tant qu'activateur ou répresseur. Le serveur web ChEA3 est disponible à l'adresse https://amp.pharm.mssm.edu/ChEA3.