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Kraken est un programme ultrarapide et très précis pour attribuer des étiquettes taxonomiques aux séquences d’ADN métagénomiques. Les programmes précédents conçus pour cette tâche étaient relativement lents et coûteux en calcul, forçant les chercheurs à utiliser des programmes d’estimation d’abondance plus rapides, qui ne classifient que de petits sous-ensembles de données métagénomiques. Grâce à l’alignement exact de k-mers, Kraken atteint une précision de classification comparable à celle du programme BLAST le plus rapide. Dans son mode le plus rapide, Kraken classifie des lectures de 100 paires de bases à un rythme de plus de 4,1 millions de lectures par minute, 909 fois plus rapide que Megablast et 11 fois plus rapide que le programme d’estimation d’abondance MetaPhlAn. Kraken est disponible sur http://ccb.jhu.edu/software/kraken/.
Wood et al. (Mon,) ont étudié cette question.