Séquençage RNA subcellulaire hautement multiplexé in situ

Comprendre l'organisation spatiale de l'expression génique avec une résolution nucléotide unique nécessite de localiser les séquences des transcrits ARN exprimés à l'intérieur même de la cellule in situ. Ici, nous décrivons le séquençage ARN fluorescent in situ (FISSEQ), dans lequel des amplicons d'ADNc stabilisés par un réticulation sont séquencés au sein d'un échantillon biologique. En utilisant des lectures de 30 bases issues de 8102 gènes in situ, nous avons examiné l'expression et la localisation de l'ARN dans des fibroblastes primaires humains soumis à un test simulé de cicatrisation. FISSEQ est compatible avec les sections tissulaires et les embryons entiers montés, et réduit les limitations dues à la résolution optique et aux signaux bruités lors de la détection de molécules uniques. Notre plateforme permet la détection massivement parallèle d'éléments génétiques, incluant les transcrits géniques et les codes-barres moléculaires, et peut être utilisée pour étudier le phénotype cellulaire, la régulation génique et l'environnement in situ.