BioMart et Bioconductor : un lien puissant entre les bases de données biologiques et l'analyse des données de microarrays

biomaRt est un nouveau package Bioconductor qui intègre les ressources de données BioMart avec les logiciels d'analyse de données de Bioconductor. Il peut annoter une large gamme d'identifiants de gènes ou de produits géniques (par exemple, Entrez-Gene et identifiants de sondes Affymetrix) avec des informations telles que le symbole du gène, les coordonnées chromosomiques, l'annotation Gene Ontology et OMIM. De plus, biomaRt permet la récupération de séquences génomiques et d'informations sur les polymorphismes nucléotidiques simples, qui peuvent être utilisées dans l'analyse des données. Un accès rapide et à jour aux données est possible car le package exécute des requêtes SQL directes vers les bases de données BioMart (par exemple Ensembl). Le package biomaRt offre une intégration étroite des bases de données BioMart publiques, importantes ou installées localement, avec l'analyse des données dans Bioconductor, créant un environnement puissant pour l'exploration des données biologiques.