L'axe oral-intestinal : Dysbiose du microbiome salivaire et fécal chez les patients atteints de maladies inflammatoires de l'intestin

Les maladies inflammatoires de l'intestin (MII) regroupent des troubles inflammatoires chroniques qui se divisent en deux grandes catégories : la maladie de Crohn (MC) et la rectocolite hémorragique (RCH). Le tractus gastro-intestinal s'étend de la bouche à l'anus et abrite des communautés bactériennes diverses. Plusieurs études basées sur le séquençage ont identifié un enrichissement intestinal en bactéries associées à la cavité buccale et ont démontré leur capacité à induire une inflammation intestinale chez la souris, suggérant que les pathobiontes intestinaux proviennent de la cavité orale, en particulier des membres du genre Streptococcus. Cette étude visait à examiner la composition du microbiome salivaire et fécal des patients atteints de MII (n = 14) comparativement à celle de sujets témoins sains (n = 12) et à déterminer l'abondance des taxa bactériens communs dans les deux niches. L'ADN métagénomique a été extrait des échantillons de salive et de selles, et le gène 16S ARNr a été ciblé pour le séquençage. Nos résultats ont révélé que la composition microbienne globale de la salive était significativement modifiée chez les patients atteints de MII par rapport aux sujets témoins (p = 0,038). Au niveau du genre, Veillonella et Prevotella étaient très abondants chez les patients MII (médianes : 25,4 % et 22,2 %, respectivement) comparé au groupe témoin (17,9 % et 13,4 %, respectivement). En revanche, Neisseria, Streptococcus, Haemophilus et Fusobacterium étaient associés à un état intestinal sain. Concernant le microbiome fécal, le groupe MII présentait une abondance significativement plus élevée de Clostridium sensu stricto 1 et Escherichia-Shigella (comprenant toutes deux des bactéries pathogènes) par rapport au groupe témoin. Les membres des deux groupes bactériens ont déjà été montrés comme corrélés positivement à l'inflammation intestinale et à une expression élevée de cytokines pro-inflammatoires qui compromettent l'intégrité de la barrière intestinale. De plus, nous démontrons que l'abondance accrue de Clostridium sensu stricto 1 et Escherichia-Shigella est également associée à une régulation positive significative de certaines voies métaboliques dans les selles du groupe MII, notamment l'invasion bactérienne des cellules épithéliales. Streptococcus était le seul genre commun détecté dans les microbiomes salivaire et fécal et représentait l'axe oral-intestinal dans notre étude. Par des méthodes basées sur la culture, nous avons isolé 57 et 91 souches de Streptococcus de la salive ainsi que 40 et 31 souches provenant d'échantillons fécaux des témoins et des patients MII, respectivement. L'arbre phylogénétique des streptocoques basé sur les séquences sodA a révélé plusieurs groupes spécifiques à des patients comprenant des isolats streptococciques salivaires et fécaux issus d'un même patient et appartenant à la même espèce, suggérant que la cavité orale constitue un réservoir endogène pour les souches intestinales.