Criblage par knockout CRISPR-Cas9 à l'échelle du génome dans les cellules humaines

La simplicité de programmer la nucléase Cas9 associée à CRISPR (répétitions palindromiques courtes groupées et régulièrement espacées) pour modifier des loci génomiques spécifiques suggère une nouvelle méthode pour interroger la fonction des gènes à l'échelle du génome. Nous montrons que la délivrance par lentivirus d'une bibliothèque de knockout CRISPR-Cas9 à l'échelle du génome (GeCKO) ciblant 18 080 gènes avec 64 751 séquences guides uniques permet à la fois le criblage par sélection négative et positive dans les cellules humaines. Tout d'abord, nous avons utilisé la bibliothèque GeCKO pour identifier les gènes essentiels à la viabilité cellulaire dans des cellules cancéreuses et des cellules souches pluripotentes. Ensuite, dans un modèle de mélanome, nous avons effectué un criblage des gènes dont la perte est impliquée dans la résistance au vemurafenib, un inhibiteur thérapeutique de RAF. Nos candidats les mieux classés incluent des gènes déjà validés tels que NF1 et MED12, ainsi que de nouvelles découvertes telles que NF2, CUL3, TADA2B et TADA1. Nous observons un haut niveau de cohérence entre les ARN guides indépendants ciblant le même gène ainsi qu'un taux élevé de confirmation des résultats, démontrant le potentiel du criblage à l'échelle du génome avec Cas9.