Prédiction de l'effet fonctionnel des mutations faux-sens humaines à l'aide de PolyPhen‑2

PolyPhen-2 (Polymorphism Phenotyping v2), disponible en tant que logiciel et via un serveur Web, prédit l’impact possible des substitutions d’acides aminés sur la stabilité et la fonction des protéines humaines en utilisant des considérations structurelles et évolutives comparatives. Il effectue l’annotation fonctionnelle des polymorphismes nucléotidiques simples (SNP), cartographie les SNP codants aux transcrits géniques, extrait les annotations de séquence protéique et attributs structurels, et construit des profils de conservation. Il estime ensuite la probabilité que la mutation faux-sens soit délétère basée sur une combinaison de toutes ces propriétés. PolyPhen-2 inclut une pipeline d’alignement multiple de séquences protéiques de haute qualité et une méthode de prédiction reposant sur la classification par apprentissage automatique. Le logiciel intègre aussi les annotations du génome humain du navigateur UCSC Genome Browser ainsi que les alignements multiples MultiZ des génomes de vertébrés avec le génome humain. PolyPhen-2 est capable d’analyser de grands volumes de données produits par les projets de séquençage de nouvelle génération, grâce à un support intégré pour des environnements de calcul haute performance tels que Grid Engine et Platform LSF.