Analyse computationnelle et expérimentale des microsatellites dans le riz (Oryza sativa L.): fréquence, variation de longueur, associations aux transposons et potentiel en tant que marqueur génétique

Un total de 57,8 Mb de séquences d'ADN de riz (Oryza sativa L.) disponibles publiquement a été analysé pour déterminer la fréquence et la distribution des différents répétés de séquences simples (SSR) dans le génome. Les loci SSR ont été classés en deux groupes en fonction de la longueur du motif de répétition. La classe I, ou marqueurs hypervariables, se composait de SSR > ou =20 pb, et la classe II, ou marqueurs potentiellement variables, se composait de SSR > ou =12 pb <20 pb. L'occurrence des SSR de classe I dans les extrémités de séquences de clones BAC digérés par EcoRI et HindIII était d'un SSR par 40 Kb, tandis que dans la séquence génomique continue (représentée par 27 clones BAC et PAC entièrement séquencés), la fréquence était d'un SSR toutes les 16 kb. Les SSR de classe II étaient estimés à se produire toutes les 3,7 kb dans les extrémités de BAC et toutes les 1,9 kb dans les clones BAC et PAC entièrement séquencés. Les répétitions de trinucleotides riches en GC (TNR) étaient les plus abondantes dans les portions codantes des EST et dans les BAC et PAC entièrement séquencés, tandis que les TNR riches en AT ne montraient pas de telle préférence, et les répétitions di- et tétranucleotidiques étaient trouvées le plus souvent dans les régions non codantes et intergéniques du génome du riz. Les microsatellites avec des répétitions poly(AT)n représentaient la classe de SSR la plus abondante et polymorphe mais étaient fréquemment associés à la famille Micropon d'éléments transposables en répétition inversée miniature (MITEs) et étaient difficiles à amplifier. Un ensemble de 200 marqueurs SSR de classe I a été développé et intégré à la carte de microsatellites existante du riz, fournissant des liens immédiats entre les cartes génétiques, physiques et basées sur la séquence. Cette contribution porte à un total de 500 le nombre de marqueurs microsatellites qui ont été rigoureusement évalués pour l'amplification, la position sur la carte et la diversité allélique dans Oryza spp.