Vers un système naturel des organismes : proposition pour les domaines Archaea, Bacteria et Eucarya.

Les structures et séquences moléculaires révèlent généralement mieux les relations évolutives que les phénotypes classiques (particulièrement chez les microorganismes). Par conséquent, la base de la définition des taxons est passée progressivement du niveau organismal au niveau cellulaire, puis au niveau moléculaire. Les comparaisons moléculaires montrent que la vie sur cette planète se divise en trois grands groupes, communément appelés eubactéries, archébactéries, et eucaryotes. Les trois sont très dissemblables, les différences qui les séparent étant de nature plus profonde que celles qui séparent des règnes typiques, tels que les animaux et les plantes. Malheureusement, aucune des vues conventionnellement acceptées des relations naturelles entre les systèmes vivants — c’est-à-dire la taxonomie à cinq règnes ou la dichotomie eucaryote-procaryote — ne reflète cette division tripartite primaire du monde vivant. Pour remédier à cette situation, nous proposons l'établissement d'un système formel des organismes dans lequel, au-dessus du niveau de règne, il existe un nouveau taxon appelé « domaine ». La vie sur cette planète serait alors vue comme comprenant trois domaines, les Bacteria, les Archaea et les Eucarya, chacun contenant deux règnes ou plus. (Les Eucarya, par exemple, comprennent Animalia, Plantae, Fungi, et plusieurs autres encore à définir). Bien que la structure taxonomique au sein des Bacteria et des Eucarya ne soit pas abordée ici, Archaea est formellement subdivisé en deux règnes : Euryarchaeota (englobant les méthanogènes et leurs apparentés phénotypiquement divers) et Crenarchaeota (comprenant le groupe relativement serré d'archébactéries extrêmement thermophiles, dont le phénotype général semble ressembler le plus au phénotype ancestral des Archaea).