Cistrome Data Browser : jeux de données élargis et nouveaux outils pour l'analyse de la régulation génique

Le Cistrome Data Browser (DB) est une ressource d'informations cis-régulatrices humaines et murines dérivées des essais de profilage chromatinien ChIP-seq, DNase-seq et ATAC-seq, qui cartographient les emplacements à l'échelle du génome des sites de liaison des facteurs de transcription, des modifications post-traductionnelles des histones et des régions de chromatine accessibles à l'activité des endonucléases. Actuellement, le Cistrome DB contient environ 47 000 échantillons humains et murins avec environ 24 000 jeux de données nouvellement collectés par rapport à la version précédente datant d'il y a deux ans. De plus, le Cistrome DB dispose d'un nouveau module Toolkit avec plusieurs fonctionnalités permettant aux utilisateurs de mieux exploiter les données à grande échelle ChIP-seq, DNase-seq et ATAC-seq. Premièrement, les utilisateurs peuvent interroger les facteurs susceptibles de réguler un gène d'intérêt spécifique. Deuxièmement, le Cistrome DB Toolkit facilite les recherches de liaison de facteurs, de modifications des histones et d'accessibilité de la chromatine dans tout intervalle génomique donné de moins de 2 Mb. Troisièmement, le Toolkit peut déterminer les échantillons ChIP-seq, DNase-seq et ATAC-seq les plus similaires en termes de chevauchements d'intervalles génomiques avec des ensembles d'intervalles génomiques fournis par l'utilisateur. Le Cistrome DB est une ressource conviviale, à jour et bien entretenue, et les nouveaux outils bénéficieront grandement à la communauté de recherche biomédicale. La base de données est librement accessible sur http://cistrome.org/db, et le Toolkit sur http://dbtoolkit.cistrome.org.