Sur la coordonnée de transition pour le repliement des protéines

Pour comprendre la cinétique du repliement des protéines, nous introduisons le concept de « coordonnée de transition » qui est défini comme la coordonnée le long de laquelle le système progresse le plus lentement. En tant qu'implémentation pratique de ce concept, nous définissons le coefficient de transmission pour toute conformation comme étant la probabilité qu'une chaîne ayant la conformation donnée se replie avant de se déplier. Puisque le coefficient de transmission peut servir de meilleur indicateur de la distance cinétique pour un système, nous présentons deux méthodes par lesquelles nous pouvons déterminer à quel point un paramètre du système approximé le coefficient de transmission. Alors que nous déterminons que le coefficient de transmission pour un système hétéropolymère à chaîne courte est dominé par des facteurs entropiques, nous avons choisi d'illustrer les méthodes mentionnées en les appliquant aux propriétés géométriques du système telles que le nombre de contacts natifs et la distribution des longueurs de boucle. Nous constatons que ces coordonnées ne sont pas de bonnes approximations du coefficient de transmission et ne peuvent donc pas décrire adéquatement la cinétique du repliement des protéines.