मानव प्राथमिक कोशिकाओं का एक एक्सप्रेशन एटलस: सह-अभिव्यक्ति नेटवर्क से जीन कार्य का अनुमान

पृष्ठभूमि: स्तनधारी कोशिकाओं का समय और स्थान में विशेषीकरण विशिष्ट पथों और कार्यों से जुड़े जीनों के समन्वित अभिव्यक्त होने की आवश्यकता होती है। यहां हमने मानव प्राथमिक कोशिकाओं से प्राप्त सार्वजनिक रूप से उपलब्ध माइक्रोअर्रे डेटासेट्स की एक बड़ी संख्या को जोड़ा और इन डेटा के बड़े सहसंबंध ग्राफ़ों का विश्लेषण किया। परिणाम: नेटवर्क विश्लेषण उपकरण BioLayout Express3D का उपयोग करते हुए, हम विभिन्न कोशिका वंशों में अभिव्यक्त जीनों के मजबूत सह-एसोसिएशन की पहचान करते हैं। हम कई ऐसे एसोसिएशनों के जैविक महत्व पर चर्चा करते हैं, विशेष रूप से प्रमुख ट्रांसक्रिप्शन फैक्टर्स की सह-अभिव्यक्ति उन जीनों के साथ जिन पर वे संभवतः नियंत्रण करते हैं। निष्कर्ष: हम मानव प्राथमिक कोशिकाओं, विशेष रूप से मानव मोनोन्यूक्लियर फागोसाइट सिस्टम में जीनों के नियमन पर विचार करते हैं। विशेष ध्यान देने योग्य बात यह है कि ये डेटा एंटीजन-प्रेजेंटिंग डेंड्रिटिक कोशिकाओं के संभावित मार्करों की पहचान या M1 और M2 सक्रियण अवस्थाओं के वर्गीकरण का समर्थन नहीं करते, जो इम्यूनोलॉजिकल क्षेत्र में वर्तमान में विवाद का विषय है। हमने इस डेटा संसाधन को BioGPS वेबसाइट (http://biogps.org/dataset/2429/primary-cell-atlas/) और macrophages.com (http://www.macrophages.com/hu-cell-atlas) पर उपलब्ध कराया है।