BLAT—BLAST類似のアライメントツール

脊椎動物のゲノム解析には、迅速なmRNA/DNAおよび異種タンパク質アライメントが必要です。新しいツールであるBLATは、mRNA/DNAアライメントにおいて一般的な既存ツールよりも正確で500倍高速、タンパク質アライメントにおいては通常脊椎動物の配列比較に用いられる感度設定で50倍高速です。BLATの高速性はゲノム中の全非重複K-merのインデックスに由来します。このインデックスは安価なコンピュータのRAMに収まり、各ゲノムアセンブリごとに一度だけ計算すればよいです。BLATは複数の主要段階を持ちます。まずインデックスを使用してクエリ配列と相同性の高いゲノム領域を見つけます。次に相同性領域間のアライメントを実施します。これらのアラインされた領域（しばしばエクソン）をより大きなアライメント（通常は遺伝子）に繋ぎ合わせます。最後に、初期段階で見逃した可能性のある小さな内部エクソンを再検討し、可能な場合には標準的なスプライス部位を持つ大きなギャップ境界を調整します。本論文ではBLATの最適化方法を説明します。速度と感度に対する様々なK-merサイズ、不一致スキーム、必要なインデックス一致数の影響も検討します。BLATはいくつかのテストセットで他のアライメントプログラムと比較され、さらに複数のゲノムワイド応用に用いられています。http://genome.ucsc.eduではヒトゲノム用のウェブベースBLATサーバーをホストしています。