ChEA3：直交オミクス統合による転写因子濃縮解析

遺伝子発現の観察された変化に関与する転写因子（TF）を特定することは、遺伝子制御ネットワークを理解する上で重要なステップです。ChIP-X Enrichment Analysis 3（ChEA3）は、ユーザーが提出した遺伝子セットに関連するTFをランク付けする転写因子濃縮解析ツールです。ChEA3の背景データベースには、RNA-seq研究からのTF-遺伝子共発現、ChIP-seq実験からのTF-標的関連、およびクラウド提出の遺伝子リストから計算されたTF-遺伝子共出現など、複数のソースから生成された遺伝子セットライブラリのコレクションが含まれています。これら異なるソースからの濃縮結果を統合して複合ランキングを生成し、個別のライブラリによって生成されたランキングと比較して正しい上流TFの予測精度を向上させます。既存のTF予測ツールとChEA3を比較したところ、ChEA3が優れていることが示されました。ChEA3ライブラリの統合により、TFが活性化因子として機能するか抑制因子として機能するかなど、一般的な転写因子の特性も明らかにします。ChEA3ウェブサーバーはhttps://amp.pharm.mssm.edu/ChEA3で利用可能です。