喉頭扁平上皮癌（LSCC）は、生活の質が低い攻撃的な癌です。そのゲノムにおける体細胞変異を理解することで、その発生と進行を理解する手助けになります。LSCCでは体細胞構造変異（SV）が記録されていますが、従来の短読長シーケンシングは、複数のサンプル間で共有される高頻度SVを効果的に検出する感度に欠けています。これらの変異は腫瘍形成において重要な役割を果たしています。ここでは、ナノポアロングリードシーケンシングデータを活用した体細胞SVの検出ワークフローであるSomaGauss-SVを提示します。5つのペア腫瘍細胞株データセットに対するベンチマークでは、SomaGauss-SVが常にバランスの取れた高精度と再現率を達成することが示されました。SomaGauss-SVを15のペアLSCC腫瘍-血液サンプルに適用したところ、SVの包括的な風景が明らかになり、体細胞欠失負荷と喫煙強度との間に有意な正の相関が見られました。さらに、28/39（71.79%）のLSCC患者において高頻度の体細胞単純反復拡大が特定され、TP53BP2およびFBXO28遺伝子の発現が空間的近接により上昇しました。これらの発見は、長読シーケンシングとSomaGauss-SVがLSCCにおける再発性体細胞SVを明らかにする可能性を強調しており、バイオマーカー発見のための貴重なリソースを提供します。
Liu et al. (水曜日) はこの問題を研究しました。