PseudoPipe：自動化された擬似遺伝子同定パイプライン

哺乳類のゲノムを検索し、包括的かつ一貫した方法で擬似遺伝子配列を同定できる相同性ベースの計算パイプライン（「PseudoPipe」）を開発しました。パイプラインの主要ステップは、BLASTを用いて潜在的な「親」たんぱく質をゲノムの間遺伝子領域に迅速にクロスリファレンスし、得られた「未処理ヒット」、すなわち冗長なものを排除し、近接したものをクラスタリングし、クラスタを一意の親たんぱく質に関連付けてアラインメントするという流れです。最終的に、擬似遺伝子は相同性、イントロン-エクソン構造、終止コドンやフレームシフトの有無などの複数の基準に基づいて分類されます。