pathfindR: オミクスデータにおける活性サブネットワークを通じた網羅的経路同定のためのRパッケージ

経路解析は表現型の基礎にあるメカニズムを研究する際の最初の選択肢となることが多いです。しかし、従来の経路解析手法は複雑なタンパク質間相互作用情報を考慮しないため、結論が不完全になることがあります。以前に、タンパク質間相互作用情報を活用して経路解析を強化する多数の手法が従来手法より優れた結果を示しました。ここで、我々はpathfindRを紹介します。これはタンパク質間相互作用情報を利用し、クラス比較オミクス実験のための活性サブネットワーク指向の経路エンリッチメント解析を行う初のRパッケージです。2群間を比較するオミクス実験から得られた遺伝子リストを用いて、pathfindRはタンパク質間相互作用ネットワーク内の活性サブネットワークを特定します。次に、これらのサブネットワークに対して経路エンリッチメント解析を実施します。複雑さをさらに軽減するために、結果得られた経路をクラスタリングする機能も提供します。加えて、スコアリング関数により、各サンプルにおける各経路の全体的活性を推定できます。我々は3つの遺伝子発現データセットで本解析手法の能力を示し、3つの一般的経路解析ツールと結果を比較しました。その結果、文献で支持された疾患関連経路が他の手法に比べて本手法でより高位にランク付けされました。さらに、pathfindRは他ツールでは同定されなかった疾患名を冠する経路を含む追加の関連経路も特定しました。