短いリードによるフラグメントアセンブリ

動機：現在のDNAシーケンシング技術は約500〜750 bpのリードを生成し、典型的なカバレッジは10x未満です。新しいシーケンシング技術は、より短いリード（長さ80〜200 bp）を生成しますが、低コストで30x以上のはるかに高いカバレッジを実現できます。現代のアセンブリプログラムやエラー修正ルーチンは、現在のリード技術に適合するように調整されていますが、短いリードのアセンブリ用には設計されていません。結果：これらの新技術によって生成されるリードのアセンブリの限界を分析し、アセンブリ前のリードのベースコールのためのルーチンを提示します。短いリードのアセンブリは可能であることを示しますが、得られたコンティグの完成には重大な（場合によっては不可能なほどの）作業が必要です。入手先：http://www.cse.ucsd.edu/groups/bioinformatics/software.htmlから利用可能です。