cDNAマイクロアレイデータの正規化：単一および複数スライドの系統的変動に対処するロバストな複合手法

cDNAマイクロアレイ実験には、測定された遺伝子発現レベルに影響する多くの系統的変動の原因が存在します（例：二つの蛍光色素間の標識効率の違い）。正規化とは、このような変動を除去するプロセスを指します。しばしば、各スライドの強度の対数比の分布の中央値がゼロになるように一定の調整が用いられます。しかし、このようなグローバルな正規化アプローチは、色素バイアスがスポットの全体強度やアレイ内の空間的な位置に依存する場合には不十分です。本稿では、頑健な局所回帰に基づき、異なるタイプのcDNAマイクロアレイ実験における色素バイアスの強度及び空間依存性を考慮した正規化手法を提案します。正規化のための適切なコントロールの選択について議論し、強度依存正規化を支援する新しいコントロールセット（マイクロアレイサンプルプール、MSP）を紹介します。最後に、スライド間で発現レベルの比較を可能にするために、スライド間のスケール差を調整する最大尤度推定に基づくロバストな手法を提案します。