세포 유리 DNA의 확장 가능한 전외엑솜 시퀀싱이 전이성 종양과 높은 일치성을 나타냄

세포 유리 DNA(cfDNA)의 전외엑솜 시퀀싱은 혈액에서 종양을 종합적으로 프로파일링할 수 있게 하지만, cfDNA와 종양 생검 간의 전 유전체 일치성은 불확실합니다. 본 연구에서는 종양 돌연변이에 대한 사전 지식 없이 0.1× 커버리지의 전 유전체 시퀀싱 데이터에서 cfDNA 내 종양 함량을 정량화하는 ichorCNA 소프트웨어를 보고합니다. 우리는 ichorCNA를 전이성 전립선암 또는 유방암 환자 520명의 1439개 혈액 샘플에 적용했습니다. 각 환자에서 가장 이른 시점의 샘플 중 34%가 10% 이상의 종양 유래 cfDNA를 포함하여 표준 커버리지 전외엑솜 시퀀싱에 충분한 양을 보였습니다. 전외엑솜 시퀀싱을 이용해, 10% 이상의 cfDNA 종양 함량을 가진 41명의 환자의 cfDNA와 대응되는 종양 생검 간에 클론성 체세포 돌연변이(88%), 복제 수 변화(80%), 돌연변이 서명 및 신항원들의 일치성을 검증하였습니다. 요약하면, 우리는 포괄적인 cfDNA 프로파일링에 적합한 환자를 식별하는 방법을 제공하였고, 많은 환자에게 적용 가능함을 밝혔으며, cfDNA와 전이성 종양의 전외엑솜 시퀀싱 간 높은 일치성을 입증하였습니다.