핵산 용융 예측을 위한 DINAMelt 웹 서버

DINAMelt 웹 서버는 용액 내에서 하나 또는 두 개의 단일 가닥 핵산의 용융을 시뮬레이션합니다. 목표는 핵산 하이브리드 쌍의 용융 온도뿐만 아니라 온도에 따른 전체 평형 용융 프로파일을 예측하는 것입니다. 두 분자가 반드시 상보적일 필요도 없고, 두 가닥의 농도가 같을 필요도 없습니다. 다양한 분자 종 간의 경쟁이 자동으로 고려됩니다. 계산은 이종 이합체뿐 아니라 가능한 두 개의 동합체 및 각 단일 가닥 분자의 접힘도 포함합니다. 이 다섯 가지 분자 종 각각에 대해, 자유 에너지는 가능한 모든 하이브리드 또는 접힌 상태에 대한 볼츠만 인자를 합산하여 계산합니다. 사용자가 지정한 온도 범위 내에서 계산은 종의 몰 분율과 함께 집합체의 자유 에너지, 엔탈피, 엔트로피 및 열용량을 예측합니다. 260 nm 자외선(UV) 흡광도는 발표된 소광 계수와 계산된 염기쌍 확률을 사용하여 시뮬레이션됩니다. 모든 결과는 텍스트 파일로 제공되며, 종농도, 열용량 및 UV 흡광도의 온도에 따른 변화를 그래프로 나타냅니다. 이 서버는 활발한 연구 프로그램과 연결되어 있으며 새로운 이론과 소프트웨어 개발에 따라 진화할 것입니다. 서버 URL은 http://www.bioinfo.rpi.edu/applications/hybrid/ 입니다.