cDNA 마이크로어레이 데이터의 정규화: 단일 및 다중 슬라이드 체계적 변동을 다루는 견고한 복합 방법

cDNA 마이크로어레이 실험에는 측정된 유전자 발현 수준에 영향을 미치는 다양한 체계적 변동 원인(예: 두 형광 염료 간 라벨링 효율 차이)이 있습니다. 정규화라는 용어는 이러한 변동을 제거하는 과정을 의미합니다. 각 슬라이드에 대해 강도 로그 비율 분포의 중앙값을 0으로 만들기 위해 일정한 보정이 종종 사용됩니다. 하지만 이러한 전역 정규화 방법은 염료 편향이 스팟의 전체 강도 및/또는 어레이 내 공간적 위치에 따라 달라질 수 있는 상황에서는 적합하지 않습니다. 본 논문은 견고한 지역 회귀에 기반한 정규화 방법을 제안하며, 다양한 유형의 cDNA 마이크로어레이 실험에서 염료 편향의 강도 및 공간 의존성을 고려합니다. 정규화를 위한 적절한 대조군 선택을 논의하고, 강도 의존적 정규화를 돕기 위해 새로운 대조군 세트인 마이크로어레이 샘플 풀(MSP)을 소개합니다. 마지막으로, 슬라이드 간 발현 수준 비교를 가능하게 하기 위해 슬라이드 간 규모 차이를 조정하는 최대 우도 추정에 기반한 견고한 방법을 제안합니다.