Zusammenfassung Aktuelle Ansätze zur Kartierung des Fortschritts der Gabel im menschlichen Genom leiden unter drastisch niedriger Durchsatzrate. Hier stellen wir ForkML vor, eine auf der Nanopore-Sequenzierung basierende Methode, die automatisch Tausende von individuellen Gabelgeschwindigkeiten positioniert, indem sie die BrdU-Inkorporation in replizierende DNA nach der doppelt gepulsten Markierung von asynchronen Zellen verfolgt. ForkML erfasst die bekannte menschliche Gabelgeschwindigkeit, erkennt Replikationsstress genau und verbindet entscheidend die Replikationsdynamik mit genomischen und chromatinischen Kontexten, wodurch ein Abbremsen der Gabel in früh replizierenden, transkribierten Regionen offenbart wird.
Rojat et al. (Fri,) untersuchten diese Frage.