L'HDAC6 (histone désacétylase 6) aide à maintenir la santé musculaire et régule l'équilibre protéique. Dans les muscles atrophiés, l'augmentation de l'activité de l'HDAC6 déstabilise les microtubules et intensifie la dégradation des protéines. Par conséquent, l'inhibition sélective de l'HDAC6 est une approche prometteuse pour préserver la santé musculaire. Dans cette étude, nous avons réalisé une analyse computationnelle complète, y compris le criblage virtuel de 449 058 composés naturels de la base de données SuperNatural 3.0, pour identifier de nouveaux inhibiteurs naturels d'HDAC6. Les principaux candidats ont été filtrés en fonction de leur similitude avec des médicaments et de leurs propriétés ADMET, puis soumis à un dockage moléculaire et à des simulations de dynamique moléculaire (MDS) pour évaluer la stabilité de liaison et les profils énergétiques. Les 20 composés les mieux notés (plage de scores LibDock : 120,54 à 167,81) ont été analysés visuellement pour leurs poses de dockage, et les composés les mieux classés, SN0000021 et SN0000043, ont été sélectionnés pour évaluation. Deux composés naturels, SN0000021 et SN0000043, ont montré de manière constante une forte liaison prédite, des caractéristiques pharmacocinétiques favorables et une interaction stable avec le poignet catalytique de l'HDAC6 tout au long d'une MDS de 200 ns. SN0000021 a une solubilité modérée, une haute perméabilité Caco-2 et ~ 93 % d'absorption intestinale, tandis que SN0000043 montre une solubilité légèrement supérieure, une perméabilité modérée et ~ 75 % d'absorption. Les deux sont non toxiques selon AMES et synthétiquement accessibles. Les calculs d'énergie libre ont également confirmé leur potentiel de liaison. Ces résultats indiquent que SN0000021 et SN0000043 sont des échafaudages naturels plausibles pour le développement d'inhibiteurs sélectifs d'HDAC6. Une validation expérimentale dans des tests enzymatiques d'HDAC6 et des modèles SM est nécessaire pour confirmer leurs effets anti-atrophiques.
Ahmad et al. (Mon,) ont étudié cette question.