يتم التحكم في التعبير الجيني بشكل محكم بواسطة عناصر الحمض النووي المعروفة بالمعززات من خلال الارتباط بعوامل النسخ الخاصة بالنسب. تقوم هذه المعززات بترجمة RNAs غير المشفرة (المعروفة بـ RNA المعزز أو eRNAs). ويعتبر تعبير eRNA مؤشرًا مبكرًا على نشاط عامل النسخ ويرتبط باستجابة العلاج والبقاء على قيد الحياة لدى مرضى السرطان. من خلال تحليل حوالي 300,000 موقع eRNA تم تتبعه باستخدام بيانات تسلسل RNA من 975 مريضًا بسرطان الثدي باستخدام أساليب تعلم الآلة، قمنا بتصنيف eRNAs الخاصة بأنماط سرطان الثدي الجزيئية والبقاء على قيد الحياة. قمنا بربط هذه eRNAs بـ mRNAs الخاصة بالنمط الفرعي لتعريف eRNAs التنظيمية المعبر عنها بشكل قريب (ProxCReAm)، والتي تتواجد بكثرة في المسارات المميزة لأنماطها الفرعية الأصلية. من المثير للاهتمام أن تحليلات cistrome ونمط عامل النسخ على هذه eRNAs أبرزت مشاركة مجموعة متنوعة من مستقبلات النواة (GR/AHR للنوع اللمعي وGR/RAR للنوع الأساسي) وعوامل FOX في المناطق اللمعية. علاوة على ذلك، كانت eRNAs اللمعية مرتبطة بنتائج أفضل بينما كانت eRNAs Her2 مرتبطة بنتائج أسوأ لدى المرضى. بشكل عام، نظهر أن أساليب تعلم الآلة المنفذة على مجموعات بيانات RNA-seq يمكن أن تصنف eRNAs ذات الصلة الوظيفية والمخصصة للنمط الفرعي والتنبؤ، والتي يمكن أن تحدد مسارات الجينات الحاسمة وشبكات عوامل النسخ في سرطان الثدي.
دراسة باتيل وآخرون (Mon ،) تناولت هذا السؤال.