Key points are not available for this paper at this time.
, (p)ppGpp, das als Reaktion auf einen Mangel an belasteten tRNA produziert wird, zielt direkt auf die transkribierende RNAP-Polymerase (RNAP), um deren Tempo an das führende Ribosom auf der neu entstehenden RNA anzupassen (Transkription-Translation-Kopplung). Der Mechanismus, durch den (p)ppGpp RNAP verlangsamt, ist jedoch schlecht definiert. (p)ppGpp kann allosterisch RNAP-Pausen stimulieren, die Katalyse hemmen, Rückschritte fördern, um Substrat-GTP konkurrieren, die GTP-Synthese hemmen oder die Transkription-Translation entkoppeln, indem es die Translation hemmt. Durch die Kombination von Kryo-EM, biochemischen Tests und quantitativer Sequenzierung neu entstehender elongierender Transkripte (qNET-seq) zeigen wir, dass (p)ppGpp allosterisch die Pausierung und Nukleotidaddition über verschiedene Bewegungen des RNAP-Schwenkmoduls reguliert und sowohl mit GTP in vivo konkurriert als auch dessen Konzentration senkt. (p)ppGpp stimuliert das Schwenken an Pausierungsstellen, um die Flucht zu verzögern, könnte aber auch das erforderliche Gegen-Schwenken in jeder Runde der Nukleotidaddition hemmen. Höhepunkte: ppGpp neigt RNAP dazu, zum Schwenken und weg von einem katalytisch kompetenten Zustand zu tendieren, ppGpp-Effekte auf die RNAP-Konformation erklären die ppGpp-Stimulation der RNAP-Pausierung, die ppGpp-Stimulation der RNAP-Pausierung in vivo wird hauptsächlich durch reduzierte GTP-Spiegel vermittelt, ppGpp kann allosterisch RNAP verlangsamen und die Genbesetzung in vivo erhöhen.
Mueller et al. (Thu,) untersuchten diese Frage.